La vegetación de las lagunas tiene como árbol principal a la encina, aunque en los valles y márgenes de las lagunas podemos encontrar árboles de ribera como los olmos y los álamos blancos (a los que debemos añadir los chopos, introducidos por las repoblaciones madereras). Por su parte, las orillas de las lagunas están cubiertas de carrizos, juncos, espadañales y masiegas.
En lo que se refiere a la fauna, debemos destacar la presencia e importancia de aves acuáticas como ánades, fochas, porrones y cercetas,. En concreto, varias de estas especies se reproducen cada año en Ruidera, como por ejemplo la focha común, el ánade real (también conocido como azulón) y el pato colorado. Durante la época de cría es frecuente observar también al aguilucho lagunero, y en invierno podemos localizar al porrón moñudo, el calamón y el somormujo lavanco. Otras especies típicas del bosque mediterráneo que se pueden observar en las lagunas son el conejo, la tórtola, la perdiz, el ratonero común y el zorro. Entre los peces más comunes podemos destacar la boga, el barbo y el blenio.
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